W Anno 1404 jest pięć katastrof.

Występuje w dwóch etapach. Pierwszy to pożar pojedynczego budynku. Jeśli jest w zasięgu remizy zostanie szybko ugaszony i będzie można przystąpić do napraw. Jeżeli jednak nie jest, to mieszkańcy będą próbować ugasić pożar. Może im się to nie udać, a nawet jak się powiedzie, to często zajmie to tyle czasu, że pożar może się rozprzestrzenić na sąsiednie budynki. I tutaj rozpoczyna się drugi etap. Ogień będzie się bardzo szybko przenosił na inne budynki, często nawet sąsiedztwo remizy nie pozwoli ocalić wszystkich domów. Ostatecznie może spłonąć nawet 20% miasta.

Ma dwie odmiany o różnych zasięgach. Pierwsza odmiana to choroba mieszkańców jednego domu. Jeśli gabinet lekarza ma ten dom w zasięgu, to szybko wyleczy ludzi i nie będzie dużo ofiar. Jeśli nie ma gabinetu odpowiednio blisko, to albo choroba zniknie wraz ze śmiercią wszystkich mieszkańców, albo się rozprzestrzeni na inne domy. Bardzo szybko zajmie nawet połowę miasta, często lekarz nie zdąży wszystkim pomóc i wiele domów zostanie opuszczonych.

Występuje tylko w strefie południowej i ma stosunkowo mały zasięg. Jeśli jednak znajdą się w nim zakłady przemysłowe lub farmy, powoduje wstrzymanie ich pracy. Jeżeli będą to budynki mieszkalne, to ich mieszkańcy będą się wyprowadzać. Burze piaskowe trwają dość długo i czasami potrafią wyrządzić spore szkody.

Ma bardzo duży zasięg, obejmuje około 90% powierzchni największych wysp, nie mówiąc o małych. Powoduje uszkadzanie się budynkow i statków w jej zasięgu. Zwykle są to uszkodzenia po -20 punktów wytrzymałości, ale w budynek/statek może też trafić piorun i wtedy traci 300 punktów. Burze trwają dość długo, ale wyrządzają niewielkie szkody, często ograniczające się do osmolenia kilku budynków lub sporadycznych pożarów. Gorzej jest ze statkami, jeśli je trafi piorun trzeba będzie je później jak najszybciej naprawić.

Może być jednocześnie najgroźniejszą katastrofą albo w ogóle nas nie dotknąć. Wynika to z bardzo małego zasięgu tornada. Może się przebić przez środek miasta i zniszczyć szlaki handlowe, albo przejść przez zupełnie inną część świata. Jeśli jakiś budynek znajdzie się blisko tornada, będzie tracił punkty wytrzymałości, a jeśli tornado wejdzie na niego, zostanie kompletnie zniszczony. Podobnie jest ze statkami.